强化混凝能有效去除水中天然有机物，达到控制饮用水消毒副产物的目的，聚氯化铝具有投省、无需建造新构筑物以及运行费用低等优点，适合对原有系统的改造，在发展中值得大力推广。但是，强化混凝的应用也带来一些问题:
1.由于大剂量投加混凝剂，使水处理系统产生的污泥虽增加，原有的污泥脱水系统能力将会不足;强化混凝条件下，有可能达不到理想的浊度去除效果，从而增加滤池的运行负担。
2.总药耗有所增加，包括调节混凝pH值的硫酸的消耗以及如果考虑腐蚀问题调高出厂水pH值的碱石灰的消耗等。
3.对杂质微粒及病原休的去除不利，对提高溶解性有机物、COD去除能力有限，对氨氮、矿物油等的去除没有促进作用。
4.针对某特定的原水特性所选择的混凝剂种类、pH值和增大剂量等方式，并不一定对所有原水水质都奏效(。